Ljubljana - Referendumska kampanja o arbitražnem sporazumu se je osredotočila zgolj na vprašanje morske meje in stika Slovenije z odprtim morjem, skoraj nikakršne pozornosti pa nosilci kampanj in javnost ne namenjajo meji na kopnem. Arbitražni tribunal bo namreč razsojal o poteku tako kopenske kot morske meje. Pri kopenski meji so problematični trije zaselki ob Dragonji (Mlini - Škrilje, Bužini, Škodelin), Brezovica pri Metliki, ozemlja ob Muri, še zlasti pri Hotizi, Trdinov vrh in Tomšičeva parcela v snežniških gozdovih.
Slovenija in Hrvaška sta se o poteku kopenske meje v sporazumu Drnovšek-Račan že sporazumeli, a ker sporazum ni zaživel, ker ga ni ratificiral hrvaški sabor, so se težave prebivalcev ob meji še povečale, predvsem zaradi uvedbe schengenskega mejnega režima. Z razpadom skupne države so republiške meje postale državne, te pa so kot začasne potegnili po mejah katastrskih občin. Strokovna komisija in delovna komisija za vprašanje meje je med letoma 1993 in 1994 locirala 53 različnih mnenj o poteku meje. To je mešani diplomatski komisiji za ustanovitev in demarkacijo slovenske in hrvaške meje do leta 1998 uspelo strniti v štiri ključne probleme v zvezi z mejo: Dragonja z morsko mejo, Snežnik, Sekuliči, Prekmurje. Trdinov vrh oziroma vojaški objekt, ki sodi v hrvaški kataster, še danes zaseda Slovenska vojska.
Vijugasta Mura
O kopenskem delu meje nastajajo različna mnenja zaradi različnih obdobij zarisovanja katastrskih meja. V avstrijskem delu habsburške monarhije so meje katastrskih občin zarisovali okoli leta 1820, v madžarskem delu pa okoli 1860. Meja na Muri je sredi 19. stoletja potekala po sredini reke, a je ta od takrat do danes na več delih spremenila tok, na posameznih odsekih je celo za dva kilometra razlike v primerjavi z nekdanjo strugo.
Neskladja med stališči slovenske in hrvaške strani so velika, saj je na levem bregu Mure (Slovenija) okoli 800 hektarov hrvaških katastrskih območij, na desnem bregu (Hrvaškem) pa okoli 260 hektarov slovenskih katastrskih območij. Najočitnejša nevralgična točka je pri Hotizi, kjer se je leta 2006 zgodil hujši incident in nekajdnevno zaostrovanje, ko je posredovala oborožena slovenska policija. S posredovanjem je slovenska stran preprečila gradnjo ceste od brega Mure (kjer je sosednja država brez soglasja Slovenije zgradila most) do zaselka Mirišče, ki je v hrvaškem katastru, a so prebivalci slovenski državljani.
Zaradi spremenjenega toka Mure se je pri sporazumevanju o poteku meje zalomilo tudi na tromeji med Slovenijo, Hrvaško in Madžarsko, nevralgično točko pa imenujemo Pince-Murska šuma. Mednarodni arbitri bodo morali rešiti tudi težave ljudi v občini Razkrižje, kjer potek katastrske meje greni življenje vsaj trem družinam. Meja v tem delu Slovenije vijuga po dvoriščih domačij in dovoznih cestah.
Brezovica v Beli krajini
Podoben položaj je tudi v katastrski občini Sekuliči v Beli krajini na območju Brezovice pri Metliki. Spornih je 335 hektarov zemljišč, kjer Slovenija izvaja oblast, nima pa ne zemljiške knjige ne katastra, ki sta na Hrvaškem. Začasna meja poteka po sredini kmetij, celo po sredini hiš, ponekod med hišo in gospodarskim poslopjem, naselje Brezovica je, na primer, ločeno od pokopališča, kjer že desetletja počivajo pokojni svojci prebivalcev naselja. Cesta, ki vodi do Brezovice, menda kar šestkrat prečka vijugasto mejo.
Trije zaselki ob Dragonji
Nasprotno od naselja Brezovice je na območju južno od Dragonje. Slovenija ima v lasti kataster in zemljiško knjigo za tri zaselke (Mlini - Škrilje, Bužini, Škodelin), a oblast izvaja sosednja Hrvaška. Spornih je 113 hektarov zemljišč. Določitev poteka meje bo v tem primeru pomembna za določanje izhodiščne točke meje na morju. Slovenska stran s podporo različnih upravnih dokumentov dokazuje, da je izvajala oblast na tem območju, meja menda poteka pod hribom, hrvaška stran pa s svojimi dokumenti dokazuje, da meja poteka po reki Dragonji.
Tomšičeve parcele
Širši javnosti neznan problem meje je tudi v obširnih snežniških gozdovih zaradi Tomšičevih parcel. Približno 70 hektarov gozdov je vpisanih v slovenske in hrvaške zemljiške knjige. Problem se vleče od vzpostavitve rapalske meje med takratno Kraljevino Jugoslavijo in Kraljevino Italijo leta 1923. Slovenija vztraja pri stališču, da na tem območju izvaja jurisdikcijo od konca prve svetovne vojne, poznavalci pa menijo, da gre v tem primeru za precej težko mednarodnopravno vprašanje.