Šestdesetletni Stanišić je v času vojne v BiH (1992-1995) poveljeval šestemu bataljonu zvorniške brigade vojske Republike srbske, medtem ko je bil 48-letni Milošević njegov namestnik. Osumljena sta vojnih zločinov na območju jezu v Petkovcih v občini Zvornik, kjer so julija njune enote postrelile okoli tisoč srebreniških moških in fantov.
Sile bosanskih Srbov so julija 1995 v samo nekaj dneh izvedle genocid nad približno 8000 muslimanskimi moški Srebrenice, pri čemer je večji del pobojev izvedla zvorniška brigada.