Šešelj se je predal mednarodnemu sodišču za vojne zločine v nekdanji Jugoslaviji (Icty) v začetku leta 2003, sojenje se je začelo šele leta 2007, haaški obtoženec pa je bil navdušen nad neposrednim prenosom procesa, ki so ga z naročninami plačevali tudi tisti, ki bi ga najraje utopili v žlici vode. Med njegovimi prerokbami se je uresničilo samo to, da je bil 12. marca 2003 ubit Zoran Đinđić, tako da so nekateri v njegovem odhodu v Haag videli beg pred aretacijo zaradi atentata na prvega demokratično izvoljenega srbskega premiera. Srbsko tožilstvo je odstopilo od Šešljevega pregona zaradi pomanjkanja dokazov sredi leta 2004.
Miloševićeva
Po navedbah medijev je Šešlja v celici čakala košarica s sadjem, ki mu jo je poslal srbski vožd Slobodan Milošević, da se osveži po dolgi poti. V Haagu so v začetku leta 2003 proti Šešlju vložili obtožnico, ki ga v devetih točkah bremeni vojnih zločinov in zločinov proti človečnosti na Hrvaškem, v BiH in Vojvodini. Haaško tožilstvo ga še bremeni pregona več deset tisoč ljudi, njegova politika pa naj bi povzročila več kot 900 mrtvih, umore, pregone, posilstva, trpinčenje, ropanje in uničevanje premoženja Hrvatov in Bošnjakov.
V obtožnici je izpostavljeno, da gre za množične pokole na Ovčari pri Vukovarju in v Voćinu na Hrvaškem kot tudi pregon Hrvatov iz vasi Hrtkovci v Vojvodini ter zločine v Zvorniku, Mostarju in Sarajevu, ki naj bi jih zagrešili Šešljevi četniki. Šešelj je vse obtožbe zavrnil, čeprav se je leta na vsa usta hvalil z očitanimi mu zločini in s sovražnim govorom spodbujal zločine ter organiziral sodelovanje prostovoljcev SRS v vojnah na Hrvaškem in v BiH.
Seznam prič,
Spektakularna je bila tudi njegova gladovna stavka, ki so jo radikalci poskušali izkoristiti, da bi ga prikazali kot Mandelo in Gandhija. Šešelj je v 28 dneh stavke izgubil 25 kilogramov, Icty je popustil njegovim zahtevam, radikalci pa so slavili zmago na beograjskih ulicah. Čeprav je politična moč SRS v Srbiji v zadnjih letih pešala, ima Šešelj na tisoče privržencev, ki povzdigujejo njegovo hujskaško politiko, ki jo je obujal tudi, ko so ga, ker je zbolel za rakom, izpustili na pogojno prostost.
Šešljev duh je bil
Kljub nasprotovanju Miloševiću je bil med letoma 1998 in 2000 podpredsednik srbske vlade in je sodeloval pri predaji Kosova, ki ga njegovi radikalci še danes ne dajo. Leta 2008 se je razšel tudi s sedanjim srbskim predsednikom Tomislavom Nikolićem, ki ga je označil za najbolj pokvarjenega političnega lopova na srbskem političnem prizorišču, ker da je izdal srbske nacionalne interese. Šešljev duh je bil vsa leta njegovega pripora bolj prisoten med Srbi, kot je bil Miloševićev. V primerjavi s procesi in zaporništvom v komunističnem in haaškem obdobju je Šešelj prepričan, da je Icty hujši od komunistov in od Miloševića.