S strojnim učenjem do zdravstvenih rešitev

Jan Rogel je na Univerzi v Leicestru dobil mesto za doktorat na področju bioinformatike.
Fotografija: Jan Rogel je Ljubljano vsaj za čas podiplomskega študija zamenjal za Leicester. FOTO: osebni arhiv
Odpri galerijo
Jan Rogel je Ljubljano vsaj za čas podiplomskega študija zamenjal za Leicester. FOTO: osebni arhiv

Ljubljančan Jan Rogel je nedavno sklenil magistrski študij bioinformatike na Univerzi v Leicestru v Angliji, svoje znanje pa bo zdaj nadgradil še v doktorskem študiju. Bioinformatika je zelo perspektivno področje, z obdelavo vse večje količine podatkov na različnih področjih pa lahko pridejo do novih spoznanj in rešitev.

Na biotehniški fakulteti je Jan Rogel zaključil študij živilstva in prehrane, a si je želel razširiti svoje znanje. Pri nas primernega programa ni našel. S pomočjo mednarodne agencije IntegralEdu, ki ponuja izobraževalne rešitve, prilagojene individualnim potrebam in željam vsake stranke, in pomoč pri iskanju in prijavi na študij v tujini, je nato svoje mesto našel v Angliji.

»V Leicester sem odpotoval januarja lani in se vpisal na intenzivni magistrski študij, to je študij praktično brez počitnic, predavanja, vaje, izpiti in vsa druga opravila so zgoščeni in študij lahko vključno s končno nalogo namesto v dveh letih opraviš v enem letu,« pojasni. Na študij je močno vplivala pandemija. »V Angliji so imeli v letu 2021 zelo ostre ukrepe, stroge omejitve so v našem mestu veljale skoraj pol leta, tako je celoten študijski proces potekal 'online' oziroma na daljavo. Poleti smo imeli nekaj predavanj v predavalnici. Tako da lahko rečem, da sem magistriral na daljavo.«

Strojno učenje in rak

Gre za zelo multidisciplinarno področje. »Za študij bioinformatike je potrebno tako znanje biologije kot računalništva, sam sem sodeloval z zdravniki, ki opravljajo te raziskave in zbirajo podatke, ki jih potem obdelujemo. Sam izhajam iz biološke vede, a sem v tem času močno nadgradil tudi znanje programiranja. Vsekakor je ključno, da razumeš podatke, ki jih obdeluješ, da lahko potem interpretiraš dobljene rezultate.«

Za magistrsko nalogo je raziskoval uporabo strojnega učenja za zviševanje občutljivosti encimskih inhibitorjev pri pljučnem raku. »Pri tem gre za povezavo treh različnih področij. Eno je torej uporaba računalnika oziroma programov in strojnega učenja za obdelavo podatkov, drugo so podatki o evoluciji raka, kako je bolezen kompleksna in kako se sčasoma razvija, ter tretje, kako na bolezen vplivajo različni encimski inhibitorji.«

VLeicestru so univerzo ustanovili leta 1921. FOTO: Jan Rogel
VLeicestru so univerzo ustanovili leta 1921. FOTO: Jan Rogel

S pomočjo strojnega učenja iz nabora podatkov izluščijo napoved, kakšen bo oziroma kako močan odziv bolezni bo na neki inhibitor. »Vse boljši in naprednejši algoritmi nam povedo čedalje več. Iz podatkov tako dobimo grafe in lestvice, ki jih je treba še ustrezno interpretirati. Če ponazorim na konkretnem primeru: imamo nabor genov, ki interagirajo z inhibitorji. Algoritem izmed 70 genov najde deset genov, ki jih razvrsti v lestvico. To lahko potem v poznanem kontekstu interpretiramo, da je gen na prvem mestu verjetno najbolj občutljiv za neki inhibitor.«

Bioinformatika je zdaj že zelo pomemben del tudi v medicini, saj je zbranih vse več podatkov, v katerih se s pravo analizo skrivajo tudi nove ideje, kako določeno bolezen (o)zdraviti. »Strojno učenje ni stoodstotno zanesljivo, zato morajo uporabniki rezultate znati dobro interpretirati. Vsekakor pa težimo k temu, da dobivamo čim večjo natančnost.«

Jan Rogel je že dobil mesto tudi na doktorskem študiju. »Da, nadaljeval bom študij bioinformatike v medicini. Veselim se, da bo več tudi laboratorijskega dela, ne le dela z računalnikom,« doda. Šolnine za doktorski študij v Veliki Britaniji so za tuje študente precej visoke, gibljejo se nad 20.000 evrov. »Možnosti je več, ena je, da si zaposlen na univerzi, druga, da dobiš plačan doktorski študij. To priložnost sem dobil jaz, saj sem pridobil štipendijo, s katero pokrijem stroške študija, hkrati pa ostane dovolj tudi za normalno bivanje v okolici univerze.« Univerzo v Leicestru so ustanovili leta 1921.

Mesto Leicester leži na reki Soar. FOTO: Jan Rogel
Mesto Leicester leži na reki Soar. FOTO: Jan Rogel

Sneg in kitara

Za zanimivost naj navedemo, da je z univerzo povezana družina Attenborough. Frederick Attenborough, oče režiserja in igralca Richarda in prvega glasu narave Davida Attenborougha, je bil rektor takrat še univerzitetnega kolidža med letoma 1931 in 1951. Tako sta Richard in David otroška leta preživela v kampusu univerze, več univerzitetnih stavb je zdaj poimenovanih po članih te družine.

Z izstopom Velike Britanije iz Evropske unije je za bivanje treba pridobiti vizum in imeti še nekaj izpolnjenih pogojev, pove sogovornik. »V Veliko Britanijo sem odpotoval dober mesec pred dokončnim izstopom in sem si pravočasno uredil ustrezne papirje za bivanje, tako da vizuma nisem potreboval.«

Za sprostitev se z desko poda na sneg. FOTO: Osebni arhiv
Za sprostitev se z desko poda na sneg. FOTO: Osebni arhiv

Zaradi omejitev, ki so veljale zaradi pandemije, Jan Rogel še ni doživel pravega utripa mesta Leicester, ki je nekoliko večje od Ljubljane. Ima okoli 330.000 prebivalcev, veliko ljudi dnevno migrira v London. Za sprostitev Ljubljančan rad v roke vzame kitaro, nekoliko več adrenalina pa po žilah steče na belih strminah, po katerih se spušča z desko. Je pa bilo zaradi študijskih obveznosti in omejitev v pretekli sezoni malo priložnosti: »Od januarja do septembra skoraj nisem bil na deski, upam, da bo v letošnji sezoni več časa,« se nasmehne.

Preberite še:

Komentarji: